A sobreexploração dos recursos piscícolas é um dos problemas que afectam o sector da pesca. A poluição é outro problema que exige uma maior vigilância e protecção das águas nacionais.
Em terra, as situações preocupantes associam-se à pressão humana que conduz à degradação da linha de costa. O ordenamento do litoral, com a implementação dos Planos de Ordenamento da Orla Costeira (POOC), poderá minimizar e prevenir esses problemas.